A részben vízi életmódot folytató mocsári teknős az egyetlen hazai teknősfélénk. Magyarországon minden kétéltű és hüllőfaj törvényi védelmet élvez, így ez a faj is. Kifejezetten a tiszta vizet kedveli, lassú folyású csatornákban, folyóvizekben, állóvizekben, víztározókban és mocsarakban él.

A Kis-Balatonon eredetileg magas egyedszámban volt megtalálható, mostanra viszont drasztikusan csökkent a kis teknősök száma, részben az olyan ragadozók miatt, mint a róka és az aranysakál. „A fészkek több mint 90 százaléka megsemmisül” – árulta el Magyari Máté, majd hozzátette, hogy a teknősök életének első 1-2 éve a legkritikusabb, csak 1-2 százalékuk él túl. Ezzel a tempóval néhány évtizeden belül eltűnhet a faj. A másik veszélyeztető tényező az autós forgalom, ami a teknősök vándorlása során okoz veszteségeket. Harmadrészt pedig ott van az ellenségük, a vörös fülű és a sárga fülű ékszerteknős, amely kiszorítja a természetes élőhelyéről a mocsári teknőst. Miután a megunt kisállatokat szabadon engedték a felelőtlen gazdák, sikeresen elszaporodtak, és az enyhe teleknek köszönhetően túléltek. Most pedig elveszik a mocsári teknősök napozóhelyeit, amik ennek következtében kevésbé melegednek fel, kevésbé tudnak jól vadászni, és csökken a szaporodási képességük.

A klímaváltozás is fenyegeti őket: az elmúlt 100 évben elveszítettük a vizes területeink 50 százalékát. Sajnos nem állunk jól a harcban, de a vízvisszatartással kapcsolatos mesterséges beavatkozások valamennyit segíthetnek a helyzeten. A Balaton-felvidéki Nemzeti Park civil szervezetekkel közösen megalkotott egy kerítésrendszert, ami a tojások, fészkek védelmét szolgálja, így remélhetően az 5 éves projekt segít növelni a mocsári teknősök populációját.